про алиасы подтверждаю, имя должно совпадать с именем сервера издателя.
Кроме того, нельзя два раза регистрировать издателя в ЕМ подписчика, один раз по алиасу, а другой раз по его IP. Тоже будут траблы...
Не забудте также увеличить время ожидания соединения в ЕМ, иначе может 4-х секунд не хватить на подключение.
Да, и ещё, если вы в локальных политиках безопасности NT ограничивали подключение пользователей к компьютеру из сети, не забудте туда добавить учётный записи SQL серверов, которые будут к Вам подключаться.
Что же касается организации репликации через интеренет с использованием проксей, сейчас в рассылке идёт серия публикаций на эту тему.