В ЕМ Start не активен, скорее всего потому, что сервер зарегистрирован под слабым логином

net start MSSQLServer
net stop MSSQLServer

scm [-?]
-Action {1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7}
-Service service_name

sqlservr [-sinstance_name] [-c] [-dmaster_path] [-f]
[-eerror_log_path] [-lmaster_log_path] [-m]
[-n] [-Ttrace#] [-v] [-x] [-g number] [-O] [-y number]

SHUTDOWN [ WITH NOWAIT ]

Конечно, все лучше делать в терминальной сессии.

Net Start|Stop надо запускать на сервере.

scm Utility
The scm utility (the Service Control Manager) creates, modifies, starts, stops, or pauses any of the Microsoft® SQL Server™ 2000 services that run under Microsoft Windows NT® and Microsoft Windows® 2000. Under Microsoft Windows 98, the scm utility starts, stops, or pauses the equivalent SQL Server applications.

Syntax
scm [-?]
-Action {1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7}
-Service service_name
[-Server server_name]
[-Pwd sa_password]
[-StartupOptions startup_option [ ...n] ]
[-ExePath exe_file_path]
[-SvcStartType {1 | 2}]
[-SvcAccount service_account]
[-SvcPwd service_password]
[-Dependencies service_name_dependency [;...n] ]

Установить на твоей машине серверные утилиты (EM, QA, Service Manager, ...). По большому счету, можно обойтись без них, но, судя по сообщениям, тебе пока они нужны. Потом будут нужны еще больше.
Вариант 1.
Просить админа сообщить пароль sa, под которым и зарегистрировать у тебя сервер в ЕМ (3 бутылки виски);
Вариант 2.
Просить админа ввести тебя в серверную роль System Administrators (2 бутылки виски);
Вариант 3.
Просить админа ввести тебя в серверную роль Server Administrators (1 бутылка водки);
Вариант 4.
Просить админа зарегистрировать в твоем ЕМ сервер под логином sa без сообщения тебе пароля (1 бутылка виски) (Потом сотворишь на серваке все, что захочешь. Лучшее соотношение цена/качество);
Вариант 5.
Если не устраивают варианты 1-4, просить меня (или Гуру, но это будет дороже), продолжить беседу (1 бутылка пива).

Стоп, стоп! После ящика пива вы должны были грохнуть регистрацию сервера в твоем ЕМ , а потом зарегить его под логином, который был выпит|выбит|куплен| у админа. Надеюсь вы сговорились на sa ?

1. У меня нет уверенности, что сервер на твоей машине в ЕМ был зарегистрирован от sa. Зарегистрируй его заново.
2. Попробуй войти в систему на сервере от имени своей сетевой учетной записи и проверь, достаточно ли у тебя прав на стоп-пуск службы MSSQLServer.

Re пробовал переставлять на своей машине СКЛ
Я не очень понимаю, что именно переставлять и зачем. Надо было лишь в Enterprise manager наступить на сервер и правой педалью выбрать Delete SQL Server Registration, или, на худой конец, Edit ... После чего, надо выбрать (если возможно) Use SQL Server authen..., ввести Login Name (sa) & Passw.
Если не получится, то перейди к п.2 предыд. ответа.

PS Я предпочитаю не Edit, а Delete... -> New SQL Server Reg., т.к. встречал глюки в старой регистрации, не позволявшие провести новую. Правда, в 6.5.

Освободился от выпитого вчера от тебя пива и решил кое-что сообщить под большим секретом, чтобы уж сегодня разделаться и перейти к виски.
У меня таких проблем не возникает не потому, что я такой умный, а потому, что:
1. Я вхожу в группы локальных админов на всех обслуживаемых серверах и на своем компе;
2. Я вхожу в группы админов, обслуживаемых доменов;
3. Мне, или этим группам разрешен полный доступ ко всем каталогам и файлам, которые использует SQL server и система (в т.ч. Temp, Tmp, ...). То же относится и к реестру;
4. Службы MSSQLServer & SQLServerAgent запускаются под моим account'ом;
5. Мне, или этим группам разрешены все операции со службами, программами, ...;
6. Я, или эти группы введены в роли System Administrators на SQL servers для поддержки Win аутентификации;
7. При SQL аутентификации я работаю под sa.
Это неоправданно широкие полномочия для программиста, но если вас меньше 5 чел. и вы в хороших отношениях, то какое-то время можно поработать с такими правами. Постепенно, вы лучше поймете, где и какие права излишни и будете их урезать.
А теперь рассуждения по конкретной проблеме.
Когда ты останавливаешь службу из ЕМ, SQL сервер позволяет это сделать, если есть соответствующие права у серверной роли, в которую ты входишь, зафиксированную при регистрации сервера. Думаю, что при регистрации использовалась Win аутентификация, поэтому и не было вопросов об имени и пароле. Операционная система останавливает службу от имени учетной записи, которая была заложена при настройке службы.
Когда ты запускаешь службу, то пытаешься это сделать от своей доменной учетной записи. Видимо у нее не хватает прав. Поэтому я и прошу тебя попробовать запуск службы на сервере от своего имени.
Делай выводы!
Ессно, это лишь возможные причины твоей проблемы. На мой взгляд, на основании стиля вопросов, это наиболее вероятная причина. Могут быть другие... :-(