Если два физических сервера, то у них у каждого может быть несколько инстансев. У каждого сервера будет один инстанс по умолчанию, имя которого совпадает с именем сервера и любой набор этих самых инстансев, которые будут именоваться так: ИМЯСЕРВЕРА\ИМЯИНСТАНСА.
Видимо, для облегчения нашей жизни, для тех серверов, которые имеют только одну установку SQL Server 2000, и добавлена возможность в качестве параметра указывать просто MSSQLSERVER. Это кстати в руководстве по установке этого коммулятивного патча подробно расписано...