Привет. У меня были подобные проблемы.
1. Попробуй настроить параметр Query timeout.
По умолчанию он равен 600 сек. Но что-то не так здесь.
Я ставил 0 - бесконечное ожидание и работало.
Процедура такая.
Запускаешь sp_configure c установками.
Затем reconfigure with override
Т.е все на ходу.
2. Если проблемы с транзакциями то попробуй поставить базу в simple mode(для 7.0 или 2000) и галку Truncate log on checkpoint (для 6.5). Но насколько я помню 1С не было для 6.5 (т.е она пошла только с 7.0).
Пункт 2 подходит если не мешает текущему плану резервирования. Или пересматривай план резервирования.


ЗЫ Ест-нно перед совершением всех этих манипуляций сделай полный Backup БД для пущей так сказать пущести.