Вроде бы, чисто теоретически, такое может быть, если клиенты общаются с сервером исключительно разнообразными нерегламентированными ad Hoc запросами, а опция "optimize for ad hoc workloads" - не включена.
Тогда кэш планов забьется неиспользуемыми планами, и периодическая DBCC FREEPROCCACHE может создать иллюзию увеличения производительности.
Если же запросы не совсем нерегламентированные, а что-то типа:


В виде строк, как любят писать разные пхп-писатели и прочие вэб-программисты, то, возможно, поможет parameterization forced в настройках БД, а не заниматься чисткой кэша.

Кроме того, некто Гилёв советует чистить кэш при изменении статистики по базе, чтобы вызвать глобальную рекомпиляцию процедур уже с учетом новой статистики.
Опять же, это может иметь смысл, если содержимое БД как то радикально поменялось, например, вы залили огромное количество данных bulk'ом или наоборот, перенесли пару периодов в историческую БД.

Так что, мозги, безусловно, нужно чистить в первую очередь, но и кэш планов - иногда тоже.