Если я правильно понял, на обоих компьютерах установлен 7.0 и пользователь с ним работает через Access...
На производительность может влиять очень много параметров. Если исходить из того, что устанавливал всё один человек и одинаково, то наиболее существенным представляется влиянее динамически выделяемой SQL серверу памяти. Это очень тонкая штука, поскольку очень жадный до памяти SQL сервер старается отхватить побольше, но сам он грузится после ядра операционки. Всё будет зависить от того, сколько NT успеет закрепить под свои нужды, если мало, то возможен заметный свопинг. На распределение памяти может повлиять, я так думаю, даже экранная заставка или навороченные обои. В общем, попробуйте зафиксировать распределение памяти на обоих компьютерах, тем более, что её маловато.
Стандартным же способом выяснение таких проблем является использование Performance Monitor и Profiler.

Если железка та же, то такой эффект понятен. Дело в том, что потребности W2K и SQL7.0 выше, чем у NT4 и SQL6.5. Тут только наращивание ресурсов поможет.
Посмотрите на утилизацию железа, для начала, как описано в учебнике:
http://www.sql.ru/subscribe/70028/09.shtml#6

Иногда бывает лучшее - враг хорошего. Например, после дефрагментации базы производительность падает, а всё из-за того, что ещё нет толковой статистики.
Или, бывает, статистика не успевает автоматически обновляться. В общем, нужно вначале пощупать пульс больного, а так, толко гадание на кофейной гуще получается
Вы не пробовали наладить удалённый мониторинг серверов, а то ведь за этим делом нужен глаз - да глаз...