Да, может.
Пример из практики. Есть таблица в куче и два индекса - первичный ключ, и покрывающий (include) индекс, предназначенный для определенного запроса. (Заметьте, таблица одна, но объектов два). В процессе развития приложения этот запрос изменился, в него включили пару дополнительных полей. План запроса тоже изменился, и стал выполнять помимо поиска по инклуд-индексу, еще и lookup по первичному ключу.
В ситуации, приведшей к дедлоку, первая сессия (читатель only!), при поиске по покрывающему индексу, сначала наложила S-блокировку на ключ в этом индексе, (прочитала его), и стала читать ключ из PK, (это всё в одном операторе select !), то есть попыталась наложить блокировку чтения и на него, но не тут-то было. Поскольку "в это же время" другая сессия (писатель, update) уже изменила строку в первичном ключе, (наложив на неё эксклюзивную X-блокировку), и вознамерилась довершить дело, (это тоже всё в одном запросе!), внеся соответствующие изменения в инклуд-индекс. Но эта строка в покрывающем индексе уже была заблокирована первой сессией.