А зачем вам вообще join? Исходя из вашей постановки, вы извлекаете данные из таблицы 2, фильтруете по таблице 1 (то есть сбрасываете не соответствующие или соответствующие строки) и записываете. Join потребуется, если вы захотите сделать из 1 строки несколько.
Инструмент SSIS для такой задачи -- Lookup в режиме Partial. Устанавливаете соответствие полей, устанавливаете свойство "Redirect missing rows to No match output" и обрабатываете далее как вам надо.
Как сделать с учетом большого размера таблиц - нужно смотреть какая таблица больше и другие их особенности. Если 2 - имеет смысл думать в сторону циклического опроса 2 с параметрами из 1 в запросе, как вам предлагали выше.