Смысл дефрагментации в перестройке кластерных индексов, листьями которых являются сами данные. Для ускорения процесса, рекомендую предварительно удалить все не кластерные индексы, а после перестройки кластерных, построить их заново, воспользовавшись заранее заготовленным для этого скриптом. Так просто быстрее получится. Дело в том, что при перестройке кластерного индекса, автоматически (скрыто от пользователя) будут перестроены и все остальные индексы, ведь они используют структуру распределения листьев кластерного индекса. Почитайте ещё вот эту статью:
http://www.sql.ru/articles/mssql/01062201IndexesAndPerformance.shtml