Не понял при чем зачем тут индексы, я сделал бы так:

select count(*)
from главная г
join классификатор1 к1 on г.классификатор1 = к1.Id
where классификатор1.Id = @Чего_хочу_удалить

или сразу:
delete классификатор1
where not exists (select * from главная where классификатор1 = @Чего_хочу_удалить)
and Id = @Чего_хочу_удалить

и еще, попробуйте использовать foreign constraint-ы. Тогда Вы не только не сможете удалить что-либо из классификатора, но и не сможете поместить в "главную" значение, отсутствующее в классификаторе. Для этого Вам, правда, придется либо заменить "значение поля 0(не связанное с другим ID/ничего не введено)" на NULL, либо помещать в классификаторы записи со значениями Id = 0.