SP запускается из JOBа SQL Agenta и работает в четыре раза дольше, чем если ее запустить из Query Analyzer

Как вы замеряете время работы и что вы замеряете - общее время от запуска до останова JOBа или действительное время работы процедуры ? Запуск процедуры из Query Analyzer вы осуществляете на консоли сервера или на рабочей станции ?

Сообщите также версию вашего SQL-я, операционной системы, конфигурацию сервера(прежде всего интересует количество оперативной памяти, незанятой SQL).

Значит так.
1. Все Job-ы выполняются программой SQLServerAgent, которая не есть часть ядра SQL сервера, а в общем может рассматриваться как клиентское приложение, использующее SQL сервер.

2. Запуск JOb-а не есть сразу выполнение EXEC SP_XXX. Ведь нужно SQLServerAgent наверное нужно "загрузить" задание, установить коннект с сервером, выполнить шаг, проверить результат, записать лог выполнения, закрыть коннект и т.п. Это к вопросу о чистом времени выполнения процедуры в QA.

Сколько точно свободно от сервера сейчас не скажу, но не очень много.
Как поведет себя операционная система, если свободной оперативной памяти нет, а необходимо загрузить новую программу ? Ответ очевиден для WinNT - будет использовать файл подкачки. Причем тем сильнее, чем больше "съест" SQL. Скажем SQL забрал 90MB, плюс ядро системы и что остается "бедному" SQLServerAgent-у ? А теперь спроецируйте это все на свою рабочую станцию, на которой QA запущен в своем пространстве памяти, установлен коннект и только и остается ждать результатов выполнения процедуры.

В случае Query Analyzer стабильные 70-80 процентов, а в случае JOB постоянно прыгает 0-40%
IMHO это и показывает, что кроме SQL-я операционная система занята еще чем-то.

PS
Все вышеизложенное IMHO.