Для разблокирования таблиц, находящихся под репликацией, используется системная процедура sp_mergesubscription_cleanup, запускаемая на подписчике. Кстати, она удобна и в случае, когда паблишер внезапно и безвозвратно сдох и отписать кого-либо не представляется возможным. Только она не удаляет таблицы, она снимает пометку, что они участвуют в репликации. После ее исполнения, если так уж нужно, можно их и удалить.

Кстати, такой проблемы не возникает, если удалять подписки в EM по одной. EM задает вопрос, хотите ли вы удалить системную информацию, касающуюся репликации, с подписчика. Вот если на этот вопрос отвечать "да", то выполняется как раз эта процедура.