В транзакционной репликации действительно обеспечивается однозначное соответствие между LSN в публикуемой БД и в Distribution (см. MSrepl_transactions). Более того, если Вы его порушите, получите ошибку The process could not execute sp_repldone/sp_replcounters on publisher.
В merge replication в момент слияния применяются окончательные изменения, а не последовательность составляющих их транзакций. Поэтому в ней SQL Server пытается сам определить оптимальную посл-ть применения изменений на основе PK-FK и прочих constraints на статьи. Если их нет, он берет в кач-ве порядка посл-ть добавлений статей в публикацию.