Господа! Делюсь опытом.

Перечень багов выявленных при установке мерж репликации с джоин-фильтрами:

MSSQL 2000 SP2 + Security Update for Service Pack 2
1. Глюк: В случае присутствия большого количества записей в таблице MSmerge_contents в момент снятия снапшота происходит выгрузка дублирующихся записей в файл MSmerge_contents.bcp, что приводит к невозможности загрузки снапшота на подписчиках вследствие нарушения целостности первичного ключа таблицы MSmerge_contents.При этом агент репликации выдает ошибку 'The process could not deliver the snapshot to the Subscriber'.
Лечится:
1.Делаем снапшот.
2.Загружаем MSmerge_contents.bcp в другую базу в произвольную таблицу.
3.Дропаем повторы
4.Выгружаем новый MSmerge_contents.bcp
5.Подменяем в снапшоте MSmerge_contents.bcp на новый.
Есть подозрение, что достаточно подправить какую-то системную процедуру, но пока это не реализовано.

2. Глюк: При синхронизации вываливается ошибка:

Failed to enumerate changes in the filtered articles.
(Source: Merge Replication Provider (Agent); Error number: -2147200925)
-----------------------------------------------------------
Internal Query Processor Error: The query processor could not produce a query plan. Contact your primary support provider for more information.

Диагноз: BUG #: 354361 (SHILOH_BUGS) BUG #: 354361 (SHILOH_BUGS)
Symptoms
If a complex join query is based on views that join the same tables such that some of the tables are not needed, the SQL Server optimizer may return the following error message:

Server: Msg 8623, Level 16, State 1, Line 1
Internal Query Processor Error: The query processor could not produce a query plan. Contact your primary support provider for more information.
(хотя обещали, что SP2 лечит)
Лечение: Изменение системных процедур expand_XX, где XX-порядковый номер статьи, на которой валится синхронизация.