Привет.
Когда то и уменя были такие проблемы, которые к счастью для себя решил...

Пути решения этой проблемы:
1. Как можно больше данных отправлять на клиент, то есть не держать курсоры на сервере и тому подобное... [Это по возможности];

2. Сократить время выполнения транзакций, чем быстрее они будут закрываться, тем меньше вероятность их перекрытия, так как они могут юзать одни и те же данные, которые в свою очередь будут залочены...

3. Правильное проектирование запросов на модификацию и самой базы в целом...

Присылайте свои варианты... :)