Можно. Как раз занимаюсь похожей задачей для торговой сети. Понимаю, что делаю довольно топорно, но работает нормально. Наберусь опыта - сделаю изящнее )
Соображения по поводу вашего вопроса.
Если у вас есть несколько БД с "абсолютно одинаковой структурой таблиц", которые вы планируете собирать в одну базу, то вам надо решить предварительно несколько вопросов.
Вы хотите все-все-все таблицы из каждой базы кидать в общую? Или какие то итоговые таблицы-выборки? Данные будут собираться в одну общую таблицу (таблицы), или для каждой исходной базы будет создана и вестись своя уникальная таблица - типа для База1 - Tab1, База2 - Tab2, Tab3...TabN?
Если в общие таблицы - то вам надо продумать уникальные идентификаторы для каждой из исходных баз, что бы потом в общей куче вы могли определить, "чья чьё". Тут удобно использовать составные ключевые поля в таблицах. Например "ДатаЗаписи" + "ИдентификаторБазы" (например - База1, База2)+IDЗаписи.
Насколько будет автоматизирована передача и обработка? У меня, например, данные передаются через транзитный файл (который потом передаётся по емейлу или на флешке). Исходная база в него загружает свои данные, база-получатель забирает. Понятное дело, желательно и удобно "накрутить" алгоритмы проверки наличия каталога, файла в каталоге, таблиц в файле, очистки транзитного файла. Далее уже обработка принимаемых данных в самой базе. Просто сразу запросом на добавление, или же с какой то предварительной проверкой правильности данных. Например - проверка на пустые поля, даты вне диапазона, нечаянно вставленные цифры в фамилии и так далее.
Ну и сжатие потом обязательно. Желательно - автоматом.
После чего - сделать формы, отчёты для выборки и просмотра нужных данных.