по возможности хорошо бы перейти MDB -> ADP

если этот вариант исключен то по возможности
1 используй ADO где можно вместо операций с линкованными таблицами.
2 во всех таблицах должен быть примари кей в любом случае
3 поставь последний MDAC на сервер и клиенты.
4 После внесения изменений в структуру таблиц на сервере надо прилинкованую таблицу удалить и заново создать.

>Вообще впечатление о SQL-сервер гадское: работает очень медленно ... связи и индексы теряет

это не сервер тому виной это последствия гадской связки
ACCESS.MDB - ODBC - MSSQL

а вот
ACCESS.ADP - OLEDB - MSSQL работает неплохо

вот что пишет микрософт по поводу исправления ошибок ядра аксесса.

MS JET SP7 от 18.08.2003

За дополнительной информацией о существующих неполадках, исправления которых содержатся в обновленной версии Microsoft Jet, обратитесь к следующим статьям Microsoft Knowledge Base:
294698 ACC2002: Jet 4.0 Expression Can Execute Unsafe Visual Basic for Applications Functions

293657 ACC2002: #Deleted in a Linked Table That Has a Field of Type UniqueIdentifier

294907 ACC2002: Like "String*" Criteria Is Incorrect on Indexed (Duplicates OK) Fields That Have DBCS Characters

291541 ACC2002: Memo Field Characters Are Displayed as Question Marks

291162 ACC2002: AutoNumber Field Duplicates Previous Values After You Compact and Repair a Database

250637 FIX: Jet 4.0 Creates Incorrect CREATE TABLE Statements

291529 ACC2002: Result of the Mid, the Left, or the Right Function in Query Referring to Memo Column Is Incorrect

291546 ACC2002: Access Displays #DELETED When You Insert Data with the Same Value into a Non-Unique Key Column of a Remote Table

293199 ACC2002: Slow Performance When You Open Objects in Design View in Access Running on Microsoft Windows NT 4.0

264766 FIX: #DELETED Error When Inserting Records with CHAR Primary Key

291238 ACC2002: Records Newly Inserted into Access Database Are Not Immediately Available When Reselecting

263561 INFO: Non-BDE Paradox and dBase ISAM Drivers

309163 ACC2002: Microsoft Access Quits When You Add Data Through a Query After You Upgrade to Microsoft Jet 4.0 Service Pack 5

247140 Memory Use Climbs with Multiple Recordsets Under a Single Jet Session/Connection

259287 FIX: ODBC Error When You Use Scalar Functions to Insert Timestamp with Fractional Value

264766 FIX: #DELETED Error When Inserting Records with CHAR Primary Key

297355 Error Message "Incorrect Syntax Near ',' (#170)" with a Comma as a Decimal Separator

304536 FIX: "Object invalid or no longer set" Error with Microsoft Jet

311159 FIX: Inefficient Use of LIKE Clause with Jet OLEDB Provider

304431 ACC2002: Error Message: Run-Time Error '3114' : Cannot Include Memo, OLE or Hyperlink Object When You Select Unique Values

нехило наисправляли?

оригинал статьи:
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;[LN];282010