Поповоду тяжких мук разделения мысль.
Если в аксесе все настолько туго (то блокировок много, то места мало) - перелей всю эту гадость как есть на MS SQL, там покромсай на кусочки, полученную кадость залей обратно в mdb-шники. Ну а далее запрос.
Кстати, подстава есть маленькая. Вернее, большая. Связь между таблицами в разных базах ты не настроишь. Так что Join'ы твои тормозить будут :(

Горизонтально делить и Union вместо таблицы?
Да у тебя все индексы лесом пойдут.
Тогда уж можешь сразу не мучаться, а перелить все как есть на MS SQL и присоединиться через ODBC. Должна получиться гадость такого же порядка тормознутости. А может и хуже. А может и лучше. По крайней мере хоть через жопу, но в правильную сторону пойдешь.

Я имел ввиду связи на уровне базы данных (Foreign Key, если говорить по русски)
Если таблицы лежат внутри одной базы - делаешь связь, аксес строит нужные ему индексы, после чего Join-ы работают быстро.
Если таблицы в разных базах - то не получится так сделать. Правда, можно руками нужный индекс сделать (поля, по которым join будет вестись), наверное будет то же самое по скорости, но не всегда. Иногда аксес в большом количестве индексов путается.
Проверку целостности не получится сделать, ну да тебе не до жиру видимо.

Видимо нет. Аксес ты можешь и не использовать, но с доступ к данным осуществляется все равно через Jet.

Дык что ж ты хочешь? Аксес изначально настольная база данных. Первая версия была ограниченна вообще 128 Мб. Ты же не удивишься, что в эксель нельзя больше 65536 строк записать?
На просторах нашей родины аксесовские базы частенько вырастают до корпоративных систем. Но запихнуть в аксес 2 Гб денормализованных данных - это надо было совсем с головой не дружить предыдущему разработчку.