Я лично всё таки за генерацию скриптов руками. Изменил структуру - будь добр сгенери скрипт. Это немного более трудозатратно, но зато надежно и дисциплинирует.

Поддерживаю на все 100.
Можно еще вспомнить Extreme Programming. Там вообще все строго. Надо что-то писать - будь добр сначала написать под это (еще ненаписанное) что-то unit test (кусок кода, который будет тестировать что-то еще ненаписанное). Геморройно, но зато при любой модификации прогоняешь все unit test'ы и видишь, что отвалился, к примеру, кусок, написанный кем-то полтора года назад. Причем этого кого-то уже и след простыл.
Для себя решил, что до тех пор, пока затраты на ручное сопровождение изменений не превышают 20% от затрат на создание этих изменений - надо делать руками. Две недели что-то модифицирую - два дня потратить на написание скриптов, дополнительное тестирование и последний внимательный взгляд ничуть не жалко.

До написания тестов тоже дошел не дошел. Дорос/не дорос - не знаю, ибо еще не пробовал.
Парное программирование - однозначно гут, да только я один аксесник на фирме :). Да и убедить начальство в необходимости парного программирования - та еще задача.
С универсализмом - начальник помогает бороться. Как только появляется желание сделать что-либо универсальное - иду к нему и говорю, так мол и так, можно сделать быстро, а можно политически грамотно (универсально и в данный момент не нужно). Получаю ответ, типа если универсальность стоит не больше человекодня - то вперед :). Чаще получается писать неуниверсально, но с хорошим запасом на будущее. Чтобы с минимальными модификациями повторно код использовать. Удачные куски можно потом доделать, оформить и постепенно в свою же систему внедрить повсеместно. Но потом.
А вообще, лучшее - враг хорошего. Я же не свободным художеством занимаюсь, иногда надо уметь писать и плохой код.
Зато на этой работе я собаку съел на безжалостном рефакторинге. Единственная радость - говнокод изничтожать