Сжимать каждый раз нет смысла. Лучше привязаться к какому нибудь признаку (например первышение определ размера или там раз в два дня). Перед этим лучше всего сделать копию т.к. во время сжатия база запросто может завалиться. Все это можно сделать програмно а соотв job запускать при выходе.

При работе с файл-сервером рекомендую:
1) Разделить базу на файл с прграмной частью (формы,макросы,запросы,модули) и файл(или несколько при БД >100 Mb) с таблицами совместного пользования.
2) В приложении создать сервис (запускать при загрузке или по таймеру скрытой формы) позволяющий отсоеденить/непускать юзеров в базу , автомотически обновлять версии програмной части , делать резервную копию(а лучше полноцнный архив день/неделя/месяц) , сжимать/востанавливать БД.
3) постараться пользоваться запросами через Execute по максимуму отказавшись от рекордсетов , там где это не получается открывать рекордсеты "толькочтение".

PS Могу быть неточным т.к. давно перешел на MSSQL+ADP(чего и вам желаю по сравнению с MDB) но сжатие копирование я бы организовал так:

1) выстовляю флаги провоцирующие других пользователей отсоедениться от БД
2) Запускаю отдельное приложение не имеющее присоединений к БД и завершаю работу основного приложения:
'Копирую последнюю версию сервисной программы
FileCopy "\\МойСервер\МояПапка\МояСРВПрограмма.mdb", "C:\МояПапка\МояСРВПрограмма.mdb"
'Запускаю ее
Shell "msaccess C:\МояПапка\МояСРВПрограмма.mdb", vbMaximizedFocus
'Завершаю работу
DoCmd.Quit acQuitSaveNone
3) В отдельном приложении делаю свои черные дела и разрешаю пользователям присоедениться. Т.к. сервисное приложение может уже запуститься , а пользователи еще не отпустили базу(например сервисная форма проверяющая флаги имеет интервал таймера 2 мин и соотв имеется пользователь кот только что проверил и отсоедениться только на следующем тике таймера,рекомендую также не сразу завершать приложение ,а дать время юзеру сделать это самому) в нем необходимо организовать соответств циклы ожидания с обработкой ошибок.