Чтобы быстрее было с ним работать, я хочу его сохранить как .MDE.
На шифрование не ускоряет загрузку базы, наоборот. Меню Tools -> Database Utilities -> Make MDE file...

>В нем после открытия сразу начинает испольняться своя программа-оболочка, но ее то я обойти нашел способ
Да,если у тебя есть такой доступ к модулям/классам, то можно выкинуть этот VBA код
или можно еще как-то?

>В принципе я могу все таблицы руками перетащить в другую БД, но их там очень много, да и связи ведь потеряются...
Split databse не пробывал?