Встречный вопрос:
Как ты добился, " чтоб у другого пользователя при открытии той же самой формы не отображались выбранные другим пользователем строки?"
Отсюда и плясать надо.
Я у себя такого эффекта не наблюдаю.

Т.е. как ты добился, чтобы отображались фильтры другого пользователя? Такого быть не должно. И при чем тут флажки?

Чтобы у другого (других) пользователя(ей) в фильтре были только записи, не включенные ни в чей фильтр, придется повозиться. Примерные шаги возни:

1. У каждого пользователя надо отслеживать применение фильтров (чтобы можно было отсеять его фильтр от фильтров, накладываемых программно на основании фильтров других пользователей (даже звучит как-то криво, не могу представить, зачем это может понадобиться))

2. Сделать его фильтр доступным всем пользователям - передать, его, например в таблицу на серверной базе.

3. У всех пользователей по таймеру перечитывать содержимое этой таблицы на предмет изменения ее содержимого.

4. По факту изменения содержимого таблицы накладывать новый фильтр на чудо-форме:

strTemp = strMyFilter
i=0
do while strFilterOtherUser(i)<>""
strTemp = strTemp & " And Not (" & strFilterOtherUser(i) & ")"
i=i+1
loop
Me.Filter = strTemp

Примерно так, наверное...

Блин, вру. Можно проще.
Добавляем поле, после Form_ApplyFilter в рекордсетклоне ставим в это поле имя текущего пользователя, или какой-нить его идентификатор. А в источнике данных пишем userID = currUserID or userID is null

Только все равно, видимо, придется обновлять содержимое источника данных время от времени...