Уверен, что есть масса инструментария для сравнения как "однотипных" баз данных, так и гетерогенных. К слову сказать - сравнение структур таблиц
не самая сложная задача, стоящая перед пользователями. Следует понять, что требуется и следующий логический шаг , необходимый после получения результатов сранения - синхронизация. На наш взгляд очень удобным средством для этого являестя продукт CDB фирмы "DBBALANCE" (http://www.dbbalance.com). Этот продукт с успехом работает и с MS SQL, и с ORACLE, и с MS ACCESS, и многими другими.