Я бы проверила, корректно ли удаляется ldb-файл, когда все пользователи выходят из базы. Если не удалился - грохнуть его вручную, и проверить права на папку, в которой база лежит.
У меня был подобный глюк, когда пользователям запретили удалять из этой папки (WinNT4), хотя никакого монопольного доступа в настройках базы в помине не было.

Второй способ - сжать и восстановить базу (вернее - он первый, когда косяки начинаются)