Во первых реплицируются только данные находящиеся в dbspace информикса. Никакие каталоги содержащие всякие там конфиги и прочее (в том числе файлы ISM) не реплицируются, это незачем. Хотя было бы неплохо чтобы передавались изменения файла ixbar.$SERVERNUM на вторичный, чтобы потом не приходилось бы его руками копировать туда в некоторых случаях (например накат журналов на вторичном после выкл-вкл репликации и прокрутки журналов на основном сервере).
На основном сервере нужен storage manager для бэкапа журналов и архивов пространств информикса. На вторичном бэкапы в текущей реализации 10 версии и ранее не сделать и они там не делаются, поэтому там storage manager не запускается, но должен быть готов к запуску в случае смены ролей в паре HDR.
После смены роли информиксов в HDR, запускаешь ISM на новом primary, на secondary останавливаешь. Не лишне сказать что ISM должен быть настроен для бэкапов. Запускаешь новый level-0 на новом primary (сразу после переключения ролей!), проверяешь чтобы бэкапились журналы.
Что можно делать со старыми бэкапами которые делались на старом primary? Ну если ваши бизнес требования не предполагают например возможность хранения архивов в течение скажем неск месяцев то проще забить на старые бэкапы. Иначе хранить их и беречь :)