ankalex,

Какие задачи решает эта хранимая?
Модифицируются одни и те же данные, т.е. это вариант репликации или нечто иное?
Насколько сложная логика заложена в блоках Java-хранимой?

Connection к подсистеме, в которой работает сама хранимая нужно получать с помощью URL:"jdbc:default:connection".
В этом случае будет использоваться текущая нить исполнения.
Но, исполнение Java-хранимой это далеко ненулевой оверхед.
Поэтому решение разнести код на 50 разных хранимых - это не самое удачное решение с точки зрения производительности (ИМХО).
С учетом версии 10 могу предложить переписать ту часть кода, которая работает с локальной базой на NativeSQL, а в хранимую(ые) вынести код, взаимодействующий с MSSQL.

Желательно рассмотреть возможность иначе наладить взаимодействие с MSSQL.
Навскидку (не зная процессов) могу предложить репликации или Federation(через промежуточный DB2 for LUW).

ankalexПроцедура - репликация 50 таблиц с MSSQL на DB2, логика - простая, но последовательность операций важна (запись в DB2, удаление с MSSQL,запись в DB2, удаление с MSSQL,...). Производительность сейчас устраивает. Получается, что уйти от многократных коннект/дисконнект к MSSQL не получится?

Тут масса вопросов.
1. Что мешает использовать собственно репликацию в том или ином виде?
Если такой софт не куплен и нет средств на покупку, можно посмотреть в сторону например SymmetricDS

2. Если это репликация (по сути), зачем вообще оформлять процесс в виде хранимых процедур?
В этом случае проще и надежнее (ИМХО) вынести функционал в отдельный сервис, это может быть или Standalone-программа, либо программа под управлением минимального сервера приложений (для обеспечения транзакционности например).

В данном случае можно выделить весь Java-код в отдельную программу, которая будет исполняться в z/OS как пакетное задание и выполнять всю работу по синхронизации/репликации.

ankalexКакие-то стандартные средства админ пытался использовать, но возникали разного рода проблемы.
На данный момент, если бы не большой размер текущей процедуры (что не нравится руководству) - все было бы отлично.
А большой это сколько? Если там нет логики, а только копирование данных, то откуда там большой размер?