a_sokolWebSphere 6.1.0.41, RHEL Linux 5
события SystemOut помечены временем на 1 час позже времени сервера(Время московское). Что поправить в WebSphere?

Не знаю, что там конкретно надо или не надо в вебсфере (скорее всего, нет, но вдруг), но есть куча других мест, в которых прописана таймзонная информация, и за всеми надо следить.

Например, для Java надо сходить сюда: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/tzupdater-readme-136440.html . А если используется joda-time, там внутри своя таймзонная информация.

Также необходимо проверить свежесть таймзонной информации в ОС.

И если, скажем, используется Оракуль, для него предоставляют совершенно отдельные специальный патчи таймзон (с CPU/PSU таймзонная информация не обновляется).