Toshkinwith s as (select id from ...)
select id from s
minus
select id from s
where f(id) <= 0;

with s as (select id from ...)
select id from s
where f(id) > 0;

1-й запрос отрабатывает за 5 секунд, 2-й - за 7 минут
хотя оптимизатор показывает цену 1-го запроса в 5 раз выше.
Статистику по всем связанным таблицам обновил - ничего принципиально не изменилось.
Что может быть не так с оптимизатором или с настройками базы?
Это означает, что оптимизатор (исходя из каких-то предположений) ошибается в оценке стоимости работ.
Запросы (планы) напрямую тут, кстати, сравнивать нельзя. В общем случае они могут давать разные result set'ы. Но то, как удалось "обмануть" оптимизатор и заставить его отказаться от плохого плана, может быть ключём к пониманию "что было не так".

Хотелось бы спросить:
1. Ф-я f(x) - детерминированная? (хотя оптимизатор может и не использовать эту информацию).
2. Ф-я f(x) - монотонная?

Обычно это грубая ошибка (с точки зрения производительности) в предикате использовать функцию/выражение, включающие данные строки (какой-либо/каких-либо из колонок) и сравнивать с константой.
Мало чего можно придумать хуже для сколько-нибудь больших таблиц и малых ожидаемых result set'ов.

Какова селективность предиката "f(id) > 0" ? Если у Вас нету индекса по выражению, самой DB2 взять эту информацию не от куда, сколько Вы статистику ни обновляйте.