sanyock2,

Не надо запускать эти команды в цикле. Ваш второй набор команд (Cmd2) - это просто жесть :)
Это примерно как алгоритм открывания двери:
"Вставить ключ в замок; Выбить дверь ногой; Вставить ключ в замок; Подождать 5s; Попытаться повернуть ключ и окрыть дверь"
Не удивительно, что после шага 2 можно и двери уже не найти. А тут еще и в цикле...

db2 force applications all; db2stop
это не одно и то же, что и:
db2stop force

В 1-м случае 1-я команда - асинхронная. Если приложений много, то оно будет их транзакции откатывать, агентов уничтожать и т.п. Работы может быть много, и к моменту запуска db2stop совершенно естественно, что за всеми приложенияим не успеют убрать, и выйдет ошибка - есть активные соединения.

db2stop force - команда синхронная. Она блокирует новые подключения, откатывает все транзакции, отключает приложения. Только после этого останавливает экземпляр и потом возвращает управление. Но, как уже было сказано, откат транзакций в общем случае может занять время.

Если ждать неохота, то можно так:
1. Останов с указанием таймаута, например, 60 сек:
db2gcf -d -t 60 -L
2. Если возращен ненулевой код ошибки:
Убийство процессов:
db2gcf -k -t 15 -L
Очистка IPC ресурсов:
ipclean -a
ipcs -a | grep ${DB2INSTANCE}

Последняя команда выдаст вам IPC ресурсы владельца экземпляра, которых, по-хорошему, должно уже не быть, если, конечно, на сервере из под-этого же пользователя не запущены другие процессы, использующие IPC. Если они всё же есть, и выяснено, что они действительно могли остаться только от db2, то можно почистить их руками (или скриптом) с помощью:
ipcrm [-s|-m|-q] id
Ну и имейте ввиду, что такой жесткий останов db2 скорее всего приведет к тому, что db2 после старта и активации базы начнет crash recovery. Незавершенные транзакции, если они были, всё равно надо откатить...

sanyock2для эксперимента пробовал подождать db2stop force, прождав больше 2-х часов, решил (собственно только поэтому) сделать свой велосипед

да и кстати, даже если ребутнуть сервер во время ожидания db2stop, то crash recovery занимает 1-5 минут, но никак не 2 часа!

и много, очень много сообщений на тему проблемной остановки DB2 на разных форумах, это ведь не только у меня такое происходит

С каждым таким случаем надо разбираться отдельно.
Останавливайте таким скриптом, например.
Таймаут на останов - 2 минуты.
При неудаче:
Потом сбор информации о причинах зависания для открытия PMR в поддержку.
Затем убийство процессов и очистка IPC ресурсов.

Так правильнее на общий случай:
ipcs -${t} | grep ${DB2INSTANCE} | tr -s ' ' | cut -d' ' -f2