Хм... Вы, собственно, что имеете в виду? =)
"Хранить бинарные данные в заданиях..."
Задание - это процесс по обработке данных, он берёт данные в одном месте и кладёт в другое в общем случае, либо меняет данные лежащие где-то, скажем, с помощью SQL... Но это процесс.
А вот передавать данные между заданиями можно в бинарном виде - есть такой объект - датасет, фактически - это дамп того, что передаётся между операторами, одно задание дампит на дисковую систему, другое поднимает с дисковой системы (партиционирование сохраняется).
Если же вопрос именно о передаче бинарных данных, как таковых (тип данных binary), то тоже можно, пример - взяли zip-файл и залили в blob-поле таблицы БД.
Уточните вопрос.

Поддерживаемые бинарные типы на уровне полей: Bit, Binary, VarBinary, LongVarBinary.
Опишите задачу подробнее... =)

Интересное желание.
Бинарники заданий можете передавать, чтобы Заказчику не приходилось компилировать задания, при идентичности его и вашей платформ.
А вот остальные объекты - шиш. =)
Скрипты, файлы с данными и т.д. стандартно через isx передать нельзя.
Вы не Заказчика обременять не желаете, а сами инструкции писать не хотите. =) Извините, в чистом виде так не получится.
Я обычно делаю спец. задания, которые генерируют/создают то, что мне надо перед запуском рабочих заданий.
Делаю я это через before/after sql в коннекторах, shell-команды в сиквенсах, basic-рутинки, ...
Инструкция выглядит так:
1. Разверните isx.
2. Запустите инициализирующие задания.
3. Далее можете работать с основными заданиями.