Как-то такИз командной строки (из Start->Run->db2cwadmin, если windows):

Если в файле нет команды соединения с базой, установить перед вызовом отдельно:
db2 connect to mydb ...

Выполнить скрипт с генерацией лога:
db2 +c -t -vsf my_file.ddl -z my_file.ddl.log

Здесь:
-s - останов выполнения при ошибке
-t - использовать символ разделитель по-умолчанию (;). Если он в скрипте другой, то указать его: -td@ (для символа разделителя @) вместо -t.
+c - выключенный автокоммит, чтоб потом при возникновении ошибки можно было до последнего commit (если их в скрипте нет, то вообще всё выполненное) откатить изменения командой
db2 rollback
-v - показывать саму выполняемую команду в логе

При успешном выполнении последней команды скрипта, если в конце его нет команды commit, выполнить
db2 commit

Разорвать соеднение с базой, если это не сделано в скрипте:
db2 connect reset