Кость,

Нужно смотреть версию, настройки и (возможно) трассу JDBC-драйвера.
При определенной комбинации опций JDBC-драйвер DB2 может очень долго пытаться установить соединение собственными силами, не возвращая управление вызвавшей программе (напр. серверу приложений).
И это будет не "глюк", а вполне корректное поведение JDBC-драйвера.

Кость,

Желательно выполнить проверку с включенной JDBC-трассой.
DB2 JDBC Driver достаточно "мозговит" и N-попыток подключения может делать сам, не отдавая управление назад.
С точки зрения сервера приложений все эти попытки будут выглядеть как одна, поэтому если в настройках его пула прописано M, то в итоге можно получить N*M попыток соединения.

Пример: С какого-то момента в версии 9.7 появилось свойство connectionTimeout. Предназначено оно для работы драйвера с кластером серверов (z/OS Data Sharing Group, pureScale, Informix HA).
Так вот выставив его в ноль (умолчание) и не выставив других свойств можно получить бесконечные попытки соединения.
Пруф: Common IBM Data Server Driver for JDBC and SQLJ properties for all supported database products
IBM Knowledge CenterIf connectionTimeout is set to 0, and automatic client reroute is not enabled, there is no time limit.
Для включения JDBC-трассировки нужно передать следующие параметры JDBC-драйверу:
traceDirectory=/tmp/jcctrace - каталог трассировки. Должен существовать и быть доступным для записи пользователю, от имени которого работает сервер приложений.
traceFileAppend=false - не дописывать в существующие файлы.
traceLevel=-1 - трассировать все.

Можно на уровне сервера приложений выставить кол-во попыток в 1, включить JDBC-трассировку, остановить сервер приложений.
Потом почистить каталог трассировки и запустить сервер.
В трассе будут появляться файлы по мере запуска сервера и обращения к пулу соединений.
Из трассировки будет понятно, сколько попыток соединения было фактически предпринято.
Кроме того, в трассе видны значения всех опций драйвера.

Если содержимое файлов трассы будет непонятно - можно выложить их здесь в упакованном виде.
Плюсом желателен список всех настроек пула соединения на сервере приложений. Очень желательно - на английском.
Чтобы консоль сервера приложений отображалась на английском - нужно в настройках браузера выставить английский предпочитаемым языком.