Zik_ast,

Программистов, которые в J2EE-приложении пишут в System.out и System.err нужно бить чем нибудь по рукам отучать от этого.
Да и в более-менее сложном Java-приложении нужно использовать фреймворк логгирования.
Для ведения логов в Java есть очень хорошие фреймворки, которые нужно использовать.
Один из фреймворков встроен в JDK (java.util.logging) и используется в том числе и сервером приложений. Есть альтернативы: log4j, logback и т.п.
Есть обобщенные интерфейсы (напр. SLF4J), которые дают возможность задействовать один из нескольких фреймворков не меняя прикладной код.
Использование фреймоворка логгирования дает разработчику возможность разбивать сообщения по уровням (Error, Warning, Info, Debug).
Во время работы приложения можно менять уровень отображаемых сообщений индивидуально для каждого "логгера", коих в приложении можно сделать много (чаще всего имя логгера совпадает с именем класса).
В WAS управлять уровнем сообщений для логгер можно например из веб-консоли.

Для WAS обычно использую следующую связку: интерфейс:SLF4J и вывод в java.util.logging.

just_vladimir,

Объясняю позицию:

1) Прикладной программист из приложения пишет в выходные потоки System.out и System.err. Вот именно от такого подхода программиста нужно отучать, ибо с этим выводом дальше сложно что-то сделать. Естественно, что никаких уровней лога там нет.
Мои возражения у меня именно против такого варианта.

2) Прикладной программист пишет через интерфейс/фреймворк логгирования (напр. SLF4J+JUL), а уже фреймворк логгирования (при соответствующей настройке, или по умолчанию) выводит в файлы System.out/System.err.
В этом варианте прямых минусов нет. Уровни и регулирование уровней - есть (за счет фреймворка). Возможность перенаправить в другой файл/файлы есть. Возможность настроить ротацию логов - тоже есть. Т.е. если со стороны приложения изначально используется фреймворк логгирования, то настройка/обслуживание/перенаправление логов превращается в административную задачу, не требующую изменения кода приложения. Да, и формат всех записей в логе будет одинаковым и настраиваемым!

Если я правильно понял исходный вопрос, то у топикстартера ситуация, что разные приложения напрямую (вариант 1) пишут в выходной поток, поэтому в файле System.out/err, который получается на выходе, полная каша, ибо туда идут и лог-записи сервера приложений (нормально отформатированные) и записи, формируемые из приложений, которые выводятся "как есть", т.е. вообще без форматирования. А теперь представим, что часть записей выводится без финишного перевода строки.