Loofi,

GC происходит не сам по себе, а когда сам сервер или приложения дают запросы на память.
Тут или сервер находится под нагрузкой, т.е. обслуживает большое количество запросов, или работающие приложения создают избыточное число объектов, или все это вместе.

а) Включить параметр verbosegc, после чего в native_stdout или native_stderr будут формироваться отчеты о ходе gc.
Для анализа можно использовать утилиту "Garbage Collector and Memory Visualizer" из комплекта ISA ( IBM Support Assistant )

б) Посмотреть формируются ли дампы Heap по причине OutOfMemory. Или же сформировать такой дамп самостоятельно.
Generating heap dumps manually
Для анализа дампов в ISA предусмотрено несколько утилит. чаще всего дают много полезной информации.

в) Можно использовать утилиту Health Center из комплекта ISA для интерактивного мониторинга сервера.
Для этого на сервере нужно установить и настроить Health Center Agent (это несложно и хорошо документировано)
Потом можно подключиться к агенту с помощью Health Center Client и мониторить что там происходит.
IBM Monitoring and Diagnostic Tools for Java - Health Center Version 2.0