И снова, здравствуйте... =)
Если я правильно понял вашу архитектуру:
1. Windows с клиентами Information Server (DataStage Designer, Administrator, Director, ...)
2. CentOS c WebSphere Application Server (IIS Domain) и DB2 (IIS Metadata Repository)
3. CentOS с DataStage (IIS Engine)
4. Удалённая база DB2...
, то
Вам надо ставить клиента DB2 на машину, где установлен движок DataStage (3), который осуществляет доступ к данным (4).
Ну и на (1), если вы хотите смотреть, че вы там нагрузили... =)

После того, как вы установите DB2 Client на машину (3), вам надо будет:
0. Создать инстанцию клиента (например db2inst1, см. доки по db2)
1. Закаталогизировать базу с (4) на (3) из под пользователя db2inst1
2. Открыть файл dsenv из под dsadm в папке (если ставили в каталог по умолчанию) /opt/IBM/InformationServer/Server/DSEngine и добавить в него строки вида:

DB2INSTANCE=db2inst1
export DB2INSTANCE

LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/iis/IBM/db2/V9/lib64 # У меня RHEL64
export LD_LIBRARY_PATH

, ну или просто скопировать строки...

if [ -f /home/db2inst1/sqllib/db2profile ]; then
. /home/db2inst1/sqllib/db2profile
fi

из профайла db2inst1 пользователя.

3. А потом для простоты просто перезагрузить машину.

P.S. А с поддержкой IIS на CentOS проблем не будет?
Вы бы уточнили...
IIS 8.5 Requirements

Да, пользуйтесь IBM Information Server 8.5 InfoCenter ...
Вам придётся окунуться в документацию, есть вещи, которые интуитивно с IIS 8.5 вы не сделаете, как и везде...
Как конфигурировать доступы к СУБД (подлючение библиотек клиентов, какие права в этих СУБД должны быть) и прочее, там, кстати, есть... =)