Должен.
Но фишки, появившиеся в 7.0.3 естественно доступны не будут.
Учитывая, что вы используете триал, что Вам мешает попробовать?

702 с 701 работал.

Думаю, не секрет, что MQ Explorer в данном случае является подписчиком по pub\sub и не более того. Могу предположить, что немного изменился формат подписки на 703, поэтому и не отобразилось. Хотя... звучит немного сомнительно. Но все это можно проверить, подписавшись самостоятельно. Еще одной причиной (более распространенной) - недостаток прав у клиента на запись в топик.

По поводу пропажи новых передач - могу сказать так... Найти подписку эксплорера, грохнуть ее, запустить эксплорер еще раз, скорее всего появится все. В продуктивной среде не советую использовать эксплорер, он просто напросто задохнется (по причине того, с какими настройками он регистрируется на топики и ограничения, заложенные в него самого). Коль скоро я упоминул о подписке экполрера - при подключении к ФТЕ сети он регистрируется в режиме, кажется, retained, то есть даже, если само приложение MQ Explorer будет отключено, сообщения будут продолжать для него валиться, следовательно, очень скоро произойдет переполнение очереди. Не думаю, что это как-то исправили в 703. Последний раз работал с 702.

Все информирование сторонних систем, что я делал, было через экзиты, так как нужно было действие по завершению транзакции на той же машине. Подписка по паб\сабу мне больше видится для задач мониторинга и треккинга, но это лишь мое скромное ИМХО. Но все XSD схемы сообщений идут с продуктом, трудностей быть не должно.

Так же могу предложить способ отправки запроса на передачу, который не очень активно упоминается в документации - прямая запись в командную очередь агента подготовленного xml-сообщения - все равно команды fteCreateTransfer и прочие делают именно это.

Сведения об агентах MQ Explorer берет при регистрации последних в фте сети из подписки (какое точное название у топика, к сожалению, не помню, их можно посмотреть через тот же MQ Explorer). Куда-то он и себе наверняка записывает, но скорее стоит почистить топики. В MQ7 работа с топиками попроще, чем с MQ6. Ах да, вроде он еще создает модельную очередь, куда записывает некоторые свои настройки. Эта очередь впоследствии не удаляется при отключении.
Уже почти год как не трогал продукт руками...

Для того, чтобы успешно передавать файлы с использованием клиента необходимо и достаточно:
- самого клиента (включает в себя клиент MQ)
- прав на запись в соответствующие объекты MQ (очереди и топики) у пользователя, под которым запущен агент
- доступа по сети с открытым портом для связки с клиент-серверным каналом MQ (например, 1414)
- прописанный маршрут через сеть MQ до конечного агента в обе стороны, если используется связка более 1 менеджера очередей (все необходимые каналы, xmitq, удаленные очереди)

С точки зрения безопасности FTE включает поддержку шифрования клиент-серверного канала MQ по SSL. Настраивается в agent.properties. О шифровании самих файлов речь не идет. Все более менее хитрое придется делать через экзиты.

Лучше всего будет отказаться от Explorer'а и перейти на DBLogger.
А при построении MQ сети имеет смысл задуматься о выносе Координационного (координирующего) менеджера очередей за пределы основной передачи данных (то есть, не делать его центральным). Да и в случае его падения ничего плохого не произойдет кроме задержки сообщений, оповещающих о новых агентах, новых передачах, новых ресурсменеджерах и т.д.