Ilhom_uzУважаемый Марк где вы?Здесь я.
Если я правильно вас понял, то ваша проблема в том, чтобы обойти первоначальный full refresh реплицируемых таблиц, который делает apply в самом начале?
Если да, то посмотрите на
ASNCLP OFFLINE LOAD .
Сам не пробовал, но, похоже, что оно для этого и предназначено.
До версии 8 я делал это серией update'ов на контрольные таблицы.

Таблицы из филиала вы можете доставить в главную БД либо выгрузкой/загрузкой, либо, как было указано уже, через backup/restore.