Если "классический" способ, то:
1. Из среды разработки нужно приложение проэкспортировать как ear-файл.
2. Зайти в консоль управления сервером приложений.
3. Создать и настроить на сервере все необходимые приложению внешние ресурсы.
4. Настроить базу(ы) авторизации, если авторизация производится средствами сервера приложений.
5. Установить новое приложение (Install New Enterprise Application).
6. Во время установки произвести маппинг ресурсов и ролей.

Если пользоваться средствами RAD, то можно сделать все то же самое, добавив удаленный сервер в проект. Некоторые заморочки будут, если на сервере включена защита. Тогда нужно использовать для связи протокол SOAP и настроить реестры сертификатов SSL в RAD и на сервере.
А дальше как обычно установить приложение уже средствами RAD, не забыв задать маппинги в дескрипторах приложения.

J2EE-приложение должно работать вне зависимости от платформы, на которой работает сервер приложений. Естественно это кроме ситуаций, когда в приложении используются функции специфичные для конкретной ОС (чего вообще то делать очень нежелательно).