IBM MTK - Migration Tools Kit. Бесплатная программа для перекачки структуры и данных. Частично умеет распознавать триггеры.

В MTK не обязательно создавать базу данных на DB2.
Вы можете запустить операцию экспорта данных из MS SQL.
После этого, с помощью bat-файлов залить данные в вашу БД.

Если честно, я тоже столкнулся с проблемой переконвертации данных.
Первое решение было:
1) таблицы без сложной конвертации данных перенести с помощью MTK;
2) написать программу переливания данных между оставшимися таблицами.

Второе решение:
После появления пункта 2 предыдущего решения был написан свой набор конверторов.

В своей базе данных, мы не использовали поля uniqueidentifier от MS SQL.
У меня немного специфическая задача. Имеется распределенная система. Обмен документами не должен зависеть от конкретной реализации СУБД. Поэтому жестких привязок на специфические типы данных СУБД нет.

Теперь о переносе данных.
При переносе с одной СУБД на другую, вы сохраняете названия таблиц и полей. В Java JDBC есть задокументированная библиотека работы с метаданными любой СУБД.
Вы подключаетесь к обоим БД. Читаете список таблиц в обоих базах. Находите совпадающие названия. Для каждой совпадающей таблицы читаете список полей. Так же строите соответстви в названиях. Что у нас остается? Остается сделать приведение типов данных от MS SQL в DB2.
Зная названия таблицы и названия полей, в программе можно сгенерировать два запроса - один SELECT, для MS SQL, другой INSERT для DB2.
Последовательно читаем содержимое таблицы из MS SQL, прогоняем его через трансформер данных и вставляем в DB2.
Поверьте, за столько дей, сколько Вы обсуждаете эту проблему, можно было уже написать такой конвертер и прогнать через него не одну базу данных.

При учете того, что в DB2 мы предусмотрительно не внесли описание FOREIGN KEY и индексов, скорость переливания данных будет приемлемой.
После процедуры переливания данных создаем необходимые FOREIGN KEY и индексы.