Не знаю, как в v8 (может, что-то исправили в лучшую сторону), а в v7 было так:
практически при любых изменениях в репликации (например, поле добавить в реплицируемую таблицу, новую таблицу в набор) контрол центр генерил скрипт, после запуска которого весь набор хотел перегрузиться!
А теперь представь: реплицируешь ты справочник, на него в target уже другие таблицы ключами ссылаются, а тут приходит команда - все удалить и перегрузить!
Удобно?
Не очень, я думаю.
Такие сгенеренные скрипты без предварительной правки я никогда, практически, не запускал.
А этот DISABLE_REFRESH очень помогает, если оно вдруг ни с того ни с сего подорвется все перегружать.

disable refresh = 0
Это как раз разрешение перегружать, а не запрет.
В процессе перезагрузки, наверное, и плющит ее, типа delete на target не идет...
Что именно-то пишет?