Вообще - то странно, должно реплицироваться. Может транзакции не закрываются. Попробуйте в определении APPLY разрешить транзакционную обработку и число транзакций, применяемых к таблице назначения = 1.

А что такое "время простоя для Capture"?
Насколько мне известно Capture никогда не простаивает. Для того и забубенили 4 процесса для Capture, что-бы она никогда не отвлекалась от чтения логов. Да и уменьшение SLEEP_MINUTES ничего не даст, ведь Insert реплицируется быстро, а Update медленно. Можно проверить, как работает Capture, обновив 1 или несколько записей в таблице, и посмотреть по логу Capture, когда произошел захват изменений, а по записям таблицы ASN.IBMSNAP_APPLYTRAIL проследить, когда эти изменения реплицировались в таблицу назначения.

Действительно.

Можно сделать вот такое задание и запланировать его на выполнение каждый день

delete from ASN.IBMSNAP_APPLYTRAIL where LASTRUN< (CURRENT TIMESTAMP - 2 DAYS);
commit work;
reorg table ASN.IBMSNAP_APPLYTRAIL;
commit work;
runstats on table ASN.IBMSNAP_APPLYTRAIL on all columns with distribution on all columns and detailed indexes all;
commit work;

delete from ASN.IBMSNAP_APPLYTRACE where TRACE_TIME< (CURRENT TIMESTAMP - 2 DAYS);
commit work;
reorg table ASN.IBMSNAP_APPLYTRACE;
commit work;
runstats on table ASN.IBMSNAP_APPLYTRACE on all columns with distribution on all columns and detailed indexes all;
commit work;

delete from ASN.IBMSNAP_CAPMON where MONITOR_TIME< (CURRENT TIMESTAMP - 2 DAYS);
commit work;
reorg table ASN.IBMSNAP_CAPMON;
commit work;
runstats on table ASN.IBMSNAP_CAPMON on all columns with distribution on all columns and detailed indexes all;
commit work;

delete from ASN.IBMSNAP_CAPTRACE where TRACE_TIME< (CURRENT TIMESTAMP - 2 DAYS);
commit work;
reorg table ASN.IBMSNAP_CAPTRACE;
commit work;
runstats on table ASN.IBMSNAP_CAPTRACE on all columns with distribution on all columns and detailed indexes all;
commit work;
connect reset;
terminate;
Чистит весьма быстро и работк репликации не мешает.