Если "в лоб" - увеличить Maximum transaction timeout и Total transaction lifetime timeout в консоли управления сервером.
Транзакцией управляет контейнер?

Alehandrну если увеличить Maximum transaction timeout и Total transaction lifetime timeout то ето будет для все приложений на сервере ето не есть хорошо можно как нибуть отдельно только для одного приложения увеличить.
Спрошу еще раз: транзакцией управляет контейнер ?
Какова архитектура приложения?
Какова статистика поступления в систему данных для долговременной обработки (и вообще какие данные поступают)?
Какие еще приложения есть на сервере?
Какие данные обрабатываются этими приложениями?
Используется ли кластер WAS ND?
Без ответов на эти вопросы любой совет - это гадание на кофейной гуще .

Ну, например - если транзакцией управляет контейнер, и есть возможность отделить долгообрабатываемые данные от других - создайте отдельный сервер и разместите приложение на нём.
Если транзакцией Вы управляете сами (скажем, используется UserTransaction) - то всё проще...

AlehandrТранзакцией управляет контейнер, сервер получает xml а ней некая информация на основании который получаются различные данные из базы данный около 8 различных таблиц записываются в xml и отправляются клиенту, WAS ND не используется, на сервере стоит еще около 10 приложение. Возможно как нибуть на WebSphere установить таймаут для отдельного приложения или как можно продлить жизнь транзакции именно для какого приложения конкретно.
Ага, тогда можно попробовать такой способ - но только если Вы можете пересобрать приложение:

1. Для EJB-проекта необходимо включить WAS Extensions.
2. В самом приложении, в Deployment Descriptor'е модуля EJB для первого бина, начинающего глобальную транзакцию (если сообщение из очереди - то, скорее всего, для MDB), увеличить параметр Component Transaction Timeout до максимально возможного времени обработки "тяжелого" сообщения (например, 1800 секунд + 15%).
3. На сервере увеличить Maximum transaction timeout до того же значения. Total transaction lifetime timeout оставить как есть (для остальных приложений).

Теперь для этого приложения транзакция должна откатываться по тайм-ауту через Component Transaction Timeout, а для остальных - через Total transaction lifetime timeout.

Попробуйте, должно получиться.

AlehandrА где нить можно посмотреть в инете про ето что бы правильно все настроить, а то я с етим всем недавно работать начал.
Ну вот, например, коллега набросал документик - выдержки из IBM-ских RedBook'ов и т.п.

Евгений ХабаровТранзакция выполняется в пределах HTTP-запроса?
Если да, то нужно менять структуру приложения, разносить обслуживание HTTP-запросов пользователя и выполнение транзакции. И связывать это асинхронно через JMS(MDB) или WorkManager.
Т.е. запрос пользователя отправляется на обработку, а в это время пользователь будет видеть картинку "подождите, идет обработка", которая будет автоматом обновляться, пока не придет результат.
Похоже, там очередь на входе (MQ?), судя по первому посту. Все равно - Вы правы - надо бы уведомление о начале обработки послать...