Andy_NTG,

IBM Data Studio V3.1
Там нужно создать Data Design Project, а внутри него на основе существующей БД можно сделать Physical Data Model.
Если модели делать на основе разных баз данных, потом эти модели можно сравнивать между собой.

Однако, это может не помочь в ситуации когда "Некоторые функции не работают на одной из баз", т.к. проблема может быть в том, что в одной из баз установили обновления, но забыли выполнить bind свежих пакетов. Могут быть и другие варианты, требующие дополнительной диагностики.