1) если таблицы небольшие, то экспортировать их в файлы и вперед с diffом наперевес. Я лично так обычно и поступаю. Тока не забывайте стараться всячески фильтровать сравниваемые данные. По датам например.

2) Написать программу, которая и будет сравнивать данные. Плюс в том, что она может проводить сложный анализ - например расчитывать близость объектов с некоей оценкой. Как-то сравнивал набранное операторами в разных бд при слиянии на новой бд списки заведенных клиентов, ессно была куча орфграфических ошибок, опечаток в датах и документах, отсутствие требуемых параметров и т.д. Хотел спасти мир и провести нечеткое сравнение, жаль не получилось, работало очень долго :)

3) сравнить журналы транзакций с помощью средств анализа логов. может подойдет вам