База DB2 само по себе, а клиент сам по себе. Если в базе кодировка XXX, а на клиенте текущая YYY, то DB2-клиент должен сам преобразовать. Конечно, если это возможно. Из 1251 в КОИ можно, а в 1252 нельзя.

По моему счастью, я всегда на виндах с 1251, и мне не нужно этим заниматься, но поэтому не помню подробностей. Предлагаю погуглить по слову DB2CODEPAGE. Предположим, у вас сервер под виндами, сервис IIS, запускается из под юзера XXX. Надо как-то установить этому юзеру DB2CODEPAGE=1208.

http://publib.boulder.ibm.com/infocenter/db2luw/v9r5/index.jsp?topic=/com.ibm.db2.luw.admin.regvars.doc/doc/r0005657.html
(Note: Because Windows does not report a Unicode code page (in the Windows regional settings) instead of the ANSII code page, a Windows application will not behave as a Unicode client. To override this behavior, set the DB2CODEPAGE registry variable to 1208 (for the Unicode code page) to cause the application to behave as a Unicode application.)