1313,
А до db2 backup database db1 to /home/db2inst/db2inst/ было db2 force application all?
Если да и в скрипте 100% уверенность, то мб сначала сделать backup из ЦУ и посмотреть на что будет орать, посмотреть логи событий в Linux, посмотреть логи db2 :( diaglog
Как варианты мало места на диске (df), нет доступа к каталогу (chmod 777 /home/db2inst/db2inst/backup), ошибка в логине/пароле (user <username> using <password>)

1313,
Вопрос как фокусник фокусника спрашиваю persdb виндовая или уже линуксовая?
Если виндовая и стоит в удалённом доступе на линуксовом сервере где по Вашему описанию Вы пытаетесь её копировать то возникает вопрос взаимодействия серверов. Если так то я пердполагаю учётные записи админов разные, а в DB2 есть в настройках хитрый пункт на эту тему. Если честно не было у меня такого опыта что бы бэкапить виндовозные БД(persdb) с одного сервера в линуксовой db2 на другом сервере, проще перегнать бэкапы если есть проблемы с дисковом пространством под хранение.
Если Вы отрехтовали PERSDB под DB2 Linux и она локально крутится на этом линуксовом серваке то вопрос именно в нём. Смотрите есть ли TOOLSDB, в моей практике были случаи когда возникали проблемы из-за малого или очень большого количества журналов, когда журналы или табличные пространства (ситемные и пользовательские) располагались на других дисках и они не совпадали с новым местом жительства БД. Возможно как раз журнал транзакций при остановке БД перед копированием как то странно себя ведёт...
У меня одно время были проблемы с самим линуксовым сервером когда переменные среды не позволяли норамльно запускать и работать в ЦУ и приходилось делать сначало export а затем вызов db2cc

Снимайте конфигурацию db, dbm, admin, т.е. db2 get admin cfg; db2 get db cfg; db2 dbm cfg плюсом к этому list db directory и list node directory только забейти парольки и host'ы c ip-адресами

1313,
ЗЫ проблема только с persdb или другие тоже не backup'ятся