Что за команда и откуда исполняется?
Что именно включается в Security?
В общем случае при включении защиты подключение к СУБД DB2 не требуется.
Пытаетесь организовать реестр пользователей в СУБД DB2? Или что-то другое?

Судя по тексту ошибки не указана строка JDBC URL для подключения к СУБД. Порт 50000 берется по умолчанию, а имя хоста не задано (поэтому null).

Версия и фикс сервера приложений? (Выводится командой versionInfo из подкаталога bin)

Возможно эта статья поможет : IBM WebSphere Developer Technical Journal: Expand your user registry options with a federated repository in WebSphere Application Server V6.1
Согласно статье реестр конфигурируется при помощи команды wsadmin, рекомендую воспользоваться именно этим способом.
Желательно, чтобы версия драйвера JDBC была не ниже чем версия сервера DB2.

PS: Да, до внесения изменений желательно не забывать выполнять backupConfig.

Версия 7.0 (GA) - это базовый релиз. Независимо от настройки реестра - актуальный фикспак нужно ставить.

Ниже приведен порядок действий, по сути это совпадает с примером из статьи:
IBM WebSphere Developer Technical Journal: Expand your user registry options with a federated repository in WebSphere Application Server V6.1

Параметры команд можно (и нужно) уточнить здесь:
Configuring the WebSphere Application Server data source

Setting up an entry mapping repository, a property extension repository, or a custom registry database repository using wsadmin commands

IdMgrRepositoryConfig command group for the AdminTask object

Configuring a JDBC provider and datasource for federated repositories

Specifying a schema name for federated repository databases with IBM DB2 for z/OS

Подсказки:
1. Путь к драйверам DB2 нужно добавить в JVM Classpath (Application servers > %Server name% > Process definition > Java Virtual Machine)
Например так: 2. Чтобы у таблиц был нужный префикс (схема) нужно драйверу DB2 указать свойство currentSchema.
- В командах это параметр JDBC URL.
- В пуле соединений это отдельное свойство.
3. Пользователю, от имени которого происходит соединение с СУБД, нужно как минимум дать права на чтение всех таблиц в схеме.

Порядок действий:
1. Настроить провайдера JDBC DB2 и пул соединений (DataSource) с JNDI-именем jdbc/wimDS. Не забыть про currentSchema.
2. Добавить путь к JDBC-драйверу в JVM Classpath
3. Запустить консоль wsadmin с языком jython (wsadmin.bat -lang jython), залогиниться и выполнить команды (предварительно их отредактировав под свои условия):
3.1 Создание нужных таблиц в СУБД
AdminTask.setupIdMgrDBTables('[-schemaLocation C:\IBM\WebSphere\AppServer\etc\wim\setup -dbPropXML C:\IBM\WebSphere\AppServer\etc\wim\setup\wimdbproperties.xml -databaseType db2 -dbURL "jdbc:db2:WIMDB:currentSchema=WIM;" -dbDriver com.ibm.db2.jcc.DB2Driver -dbAdminId db2admin -dbAdminPassword XXX -dn test.org -wasAdminId wsadmin -wasAdminPassword XXX]')
3.2 Регистрация репозитория
AdminTask.createIdMgrDBRepository('[-id wimdb -dataSourceName jdbc/wimDS -databaseType db2 -dbURL "jdbc:db2:WIMDB:currentSchema=WIM;" -dbAdminId db2admin -dbAdminPassword XXX]')
AdminTask.addIdMgrRepositoryBaseEntry('[-id wimdb -name "o=test.org" -nameInRepository "o=test.org"]')
AdminTask.addIdMgrRealmBaseEntry('[-name "defaultWIMFileBasedRealm" -baseEntry "o=test.org"]')
3.3 Сохранение изменений
AdminConfig.save()
3.4 Завершение wsadmin
quit
4. Перезапустить сервер приложений.

Настройка сервера приложений, необходимая для добавления пользователей в новый реестр с консоли, приведена в первой статье

Поправка:
В пункте 3.1 вместо -dn test.org должно быть -dn "o=test.org".
Важно чтобы dn совпадал во всех приведенных командах, иначе через консоль пользователей добавлять не получится.