Такое возможно в любой BLOB засунуть в любой базе

Создать свой ClassLoader загрузить массив байт - представить их как класс и запустить на выполнение.

For ex (classloader):
http://www.panix.com/~mito/articles/articles/classloader/j-classloader-ltr.pdf

Вот тебе пример - сохраняет массив байт.
Blob - интерфейс который, делает то же самое. Но для него нужно написать реализацию или пользоваться существующей.
Этот код сохраняет массив байт. Class файл - это двоичные файлы - их читать именно как массив байт а не Reader-ом.
К примеру:
[src] byte[] data = new byte[(int) (new File(key).length())];
new FileInputStream(key).read(data);
[src]
Читать из базы - ResultSet.getBytes - дальше ClassLoader - смотри пример выше по ссылке

Описал бы задачу :)
А то сложно сказать - пункт 1 требует установки дб2 а это стоит денег. Во втором вроде по описанию не требуется - можно их и сэкономить :)

Если смотреть с точки зрения производительности - то чтобы зачитать класс из БД требуется больше операций чем в случае с файловой системой. Опять же если их (классов) много - то время поиска по файловой системе в каталоге (предположительно) линейное - а в базе (может быть) логарифическое от числа файлов. Т.е. при определенном N...

Если серьезно - это довольно специфический подход - написание собственного класслоадера - есть конечно задачи где это требуется и для этого есть причины - но это все же не такой большой круг задач. Имхо, в подавляющем большинстве случаев это не нужно делать.
Давай описание задачи - может там все на порядок проще решается

Имхо:
Пихать это добро в базу не следует - просто нет никакого смысла. Просто завести конфигурационный файл который по номеру записи (назовем к примеру transaction id) будет инстанциировать определенный класс и запускать его. Положить все в один jar файл и не мучится.
Диспетчер такой пишется за день-два. Если возникнет необходимость он легко переносится на отдельную машину (чтобы не совмещать БД и приложение).
Сам по себе интересен вопрос нотификации что поступили новые данные. Как это будет выглядеть? При желании можно просто посмотреть может что-либо из существующих реализаций подходит.

Что еще смущает:
авторДопустим напишу проги для всех 300 обьектов(Я не один конечно, 15 программеров). И залю всю эту приблуду в таблицу, я все это пишк пока на WindowsXP
Немного смущает такой подход... Т.е. насколько я понимаю задачи будут похожие - наверняка можно обобщить какие-то операции, написать какую-то общую библиотеку для обработки Или что-то подобное - а то писать 300 обработчиков - или все операции настолько уникальны?
Можно вкратце какого рода обработка будет?

В jar будет проще. Если что-то новоя появится то переложить jar и перезапустить сервер будет достаточно просто. Автоматизировать это также легко - или скриптом в системе или, если хочется делать удаленно, можно через ant - к примеру: при наличии ftp + telnet/ssh можно написать скрипт под ant который будет доставать последние исходники из системы контроля версий, компилировать, паковать, заливать по ftp на сервер и через telnet делать рестарт. Это к вопросу о выкладывании нового кода.
Если требуется динамическая загрузка классов, можно взять готовый контейнер, который ее поддерживает и писать для него компоненты-обработчики событий. Что-либо вроде phoenix справится вполне.
Чем решение с использованием сервера не нравится - скорость ниже, если класс ссылается на другие классы залитые в таблицы, то необходимо устанавливать этот класслоадер для потока обработчика. Если тот запрашивает новый класс тогда искать его сначала в таблицах БД, если не найден - передавать управление класслоадеру верхнего уровня. Т.е. сделать так конечно можно, и работать будет, только зачем так усложнять? В любом случае если понадобятся новые библиотеки или еще что - потребуется перезапуск контейнера обработчиков. Да и трудно представить решение где 1 обработчик = 1 классу. Разве что они просто дико примитивны - но тогда наверняка можно их обобщить.
[q]Короче все это в одну прогу незя, да проффесиональняй подход это делить прогу на части типа.[/q] 1 сlass file не есть прога. Прога здесь - это система обработки в целом :) а конкретный класс - просто обработчик определенного сообщения. И все же стоило бы поискать в них общее что-либо. А то 200 хэндлеров и все с нуля писать... или даже копи-пастом... не дело это, имхо.
Для увеличения эффективности обработки пул потоков поставить - обрабатывать параллельно несколько задач.
А обработка сама какого рода?