Эффективность их работы будет зависеть от железа и от настройки. Создавайте сколько угодно экземпляров. В разумных пределах, конечно... :)

А фраза из контекста, видимо, выдрана, потому что чушь какая-то. Многопользовательская/многозадачная операционка - и можно работать только с одним экземпляром?! В общем случае это бред. Да и из практики я что-то не припомню такого, чтоб на нормальном сервере был не более чем один экземпляр, обычно больше (в конце концов, всегда есть еще и DAS), и никого это ничем не ограничивает.

Нашел. Имеется в виду, что переменная пользовательского окружения DB2INSTANCE у пользователя одна. Ну так никто никому никогда не мешал ее поменять. Или залогиниться этим же пользователем параллельно и в другой сессии установить другое значение DB2INSTANCE.
И вообще - это ограничение клиентской стороны, а не сервера. Это клиентское ПО работает только с тем экземпляром, который указан в переменной окружения DB2INSTANCE, а серверу все равно, сколько у него экземпляров.