В IBExpert есть возможность сохранения конфигурации настроек сравнения данных в ini-файл.
А можно реализовать возможность сохранения и восстановления списка таблиц и генераторов непосредственно в текущей базе данных? Чтобы при обновлении можно было прямо из базы достать список таблиц, содержимое которых должно быть совпадать с master-базой, и этот список не зависел от настроек MasterDB, TargetDB и Options. Это так же даст возможность пользователю своими средствами поддерживать данный список в актуальном состоянии.